入境旅客攜帶菸酒免稅數量為酒類1公升，捲菸200支或雪茄25支或菸絲1磅，攜帶超逾該免稅限量菸酒入境，限酒4公升，捲菸4條（800支）、雪茄100支或菸絲4磅以內，並應主動向海關申報完稅放行。攜帶菸酒數量超逾前開稅放限量部分，須檢附菸酒進口業許可執照影本或本部同意文件，始准進口。

交通部觀光局於102年12月26日依據民用航空法第43條第3項規定及依據國際民航組織危險物品航空安全運送技術規範公告修正「空運危險物品名稱」 ，並自102年1月1日起生效，其中「旅客及組員可攜帶或託運上機之危險物品」亦有所調整，請搭機旅客務必遵守以維護飛航安全。

1. 國人申請時除臉部照片外，可選擇是否留存兩手食指指紋，供臉部特徵對比失敗後，可再以指紋比對通關。
2. 國人註冊申請後，若換發新護照不需再重新申請註冊。
3. 外國人所持IC卡外僑(永久)居留證上所載之護照號碼須與現所持護照號碼一致，方能申請註冊，若換發新護照後 ，須至內政部入出國及移民署各縣市服務站更換IC卡外僑(永久)居留證後，方能再使用自動查驗通關系統。
4. 註冊後於「台灣地區長期居留證或多次出入境證」、「台灣地區依親居留證或多次出入境證」、「IC晶片卡台 灣地區居留證」及「外僑(永久)居留證」有效期間內，可使用自動查驗通關系統入出國。
5. 通關時勿穿戴影響臉部辨識之物品，如墨鏡、帽子或口罩。
6. 役男出國須先經核准，並於查驗通關時，檢查核准章戳或許可，故不得使用自動通關，入國方可使用。